Pokles počtu žactva, tříd i členů profesorského sboru začíná již prvním “protektorátním” rokem. Poměry na škole jsou velmi neutěšené, plné potíží, nesnází a zmatků. Práce školy je značně ztěžována neustálými, nečekanými změnami a zákroky. Přesto, že počet žactva poklesl, projevil se nedostatek učebnic, počet vyučovacích hodin poklesl v důsledku prodlužovaných zimních prázdnin. V důsledku nedostatku uhlí byly zaváděny “uhelné prázdniny”, jak je žáci nazývali.
    Školní knihovny byly uzavírány pro “vyřazování závadných knih”. Vyučování bylo přerušováno leteckými poplachy – ať cvičnými nebo později i skutečnými. Předmět “němčina” byl preferován, počet vyučovacích hodin němčiny byl stále zvyšován na úkor počtu vyučovacích hodin jiných předmětů. Profesoři “nearijského” původu byli ze školy propuštěni. Učebny a jiné školní místnosti byly čas od času obsazovány německými vojenskými jednotkami. Rozvrh hodin bylo nutno často měnit a upravovat.
    Od roku 1941 se do školní agendy zavádí němčina. Němčí se při vyučování zeměpisu, dějepisu, fysiky. Pro profesory jsou zavedeny povinné kroužky němčiny. Němčina se stává maturitním předmětem. V roce 1942 byly zrušeny opravné zkoušky. Žák, který měl na celoročním vysvědčení jen jednu nedostatečnou, nemohl ani třídu opakovat a byl z dalšího studia vyloučen. Přebyteční profesoři byli předčasně pensionováni nebo byli zařazováni na různá pracoviště v průmyslu.
    Na počátku školního roku 1944-45 byla poslední, osmá třída zrušena a žáci (ve věku 18-19 roků) byli zařazeni do pracovního procesu jednak v Kyjově do sklárny, dolů a mlýna, ale i na nucené práce při kopání zákopů nebo do muniční továrny v Kuřimi u Brna.
    V lednu 1945 byla budova reálného gymnasia, s výjimkou sborovny a ředitelny, zabrána německým vojskem. Vyučování bylo proto zcela zastaveno. Žáci dostávali jen domácí úlohy. V polovině měsíce dubna 1945 Němci budovu opustili, při čemž ji značně zpustošili. Další škody na budově byly způsobeny několik dnů před osvobozením – škola se ocitla v dělostřelecké palbě.
    Sotvaže vstoupily do Kyjova dne 28. dubna 1945 první osvobozující jednotky rumunské armády, zavlála na budově reálného gymnasia československá vlajka. To již německé nápisy na budově byly odstraněny a nahrazeny nápisy československými.
    V budově gymnasia se etablovala rumunská jednotka, která zde zůstala do 5. května. Po odchodu rumunské jednotky byl v budově reálného gymnasia zřízen sovětský vojenský lazaret, jehož šéflékařem byl plukovník RA dr. Ribčinský.
    Již 11. května 1945 bylo obnoveno vyučování. Bylo to však v budově živnostenské školy (dnešní ZTŠ), která byla reálnému gymnasiu dána k disposici pro odpolední vyučování. Bylo to provisorní řešení do začátku dalšího školního roku 1945-1946, kdy po předchozí opravě poškozené budovy reálného gymnasia byl zahájen normální provoz.
    Tuto kapitolu uzavírám zmínkou o pokusu Němců zavést v našem městě německé školy. V průběhu doby okupace nastěhovalo se do Kyjova, do bytů po odsunutých občanech židovského původu, několik rodin, evakuovaných z vybombardovaných německých měst. V Kyjově pro ně byla zřízena německá mateřská školka “Deutsche Kindergarten”, pro kterou byla uvolněna část naší mateřské školy a žákovský domov “Schülerheim”. Jak se můžeme dovědět ze zápisu o schůzi městské rady ze dne 24. září 1942, mělo město Kyjov na základě přípisu NSDAP – Gauleitung Niederdonau – Kreis Brünn přispívat na tuto školku částkou 5.000 K ročně.
    Škola však neměla příliš dlouhého trvání. Události na východní frontě, kdy německou armádu stíhaly porážky za porážkou, byly příčinou, že německé civilní obyvatelstvo Kyjov opustilo a tak tyto německé školní instituce byly zrušeny.